מוחמד נפאע נולד ב-12 במאי 1952 בכפר הדרוזי בית ג'אן. את לימודיו היסודיים סיים בכפר הולדתו, ואת השכלתו התיכונית רכש בבית הספר התיכון בכפר ראמה, שם הצטיין בלימודיו.

במאי 1970 התגייס לצה"ל והוצב במשמר הגבול. כבר בתחילת דרכו בלט בכושר מנהיגות טבעי, ולאחר שסיים בהצלחה את מסלול הלוחם נשלח לקורס מפקדי חוליות ולקורס מ"כים, בהם הצטיין. בהמשך שירת כמדריך טירונים בבסיס ההדרכה של מג"ב, והתקדם עד לתפקיד רב-סמל פלוגתי.

במהלך שירותו נשא את נזיימה לאישה, ובשנת 1972 נולד בנם הבכור, ראמי. עם השנים נולדו למחמד ולאשתו חמישה ילדים נוספים – סאמי, סאמיה, ראנייה, סאלח ונואל.

בתום שירות החובה, במאי 1973, התנדב לשירות קבע ושירת ביחידות מבצעיות שונות. בשנת 1977 הוצב בפלוגה כ"א, ועם פרוץ מלחמת שלום הגליל הועברה יחידתו לפעילות מבצעית בלבנון. מפקדיו העריכו אותו כמפקד מסור, שקט וצנוע, ההולך בראש פקודיו ומשמש להם דוגמה אישית.

לצד שירותו הצבאי התעניין מחמד בנשק ובקליעה. הוא נודע כקלע מצטיין והיה חבר בנבחרת הקליעה של משמר הגבול, עמה השתתף בתחרויות רבות וזכה במקומות הראשונים. תחביב נוסף שאהב היה הציד, שבו באו לידי ביטוי כישרונו ודיוקו הרב.

ב-4 בנובמבר 1983, בעת מלחמת שלום הגליל, חדר רכב תופת למתקן מג"ב בעיר צור והתפוצץ, כשבתוכו כחצי טון חומר נפץ. בפיגוע, שכונה "אסון צור השני", נהרגו כשישים איש – בהם עשרים ושמונה אנשי מערכת הביטחון. רב-סמל מחמד נפאע היה ביניהם.

מוחמד היה בן 31 בנפלו. הוא נטמן בחלקת המשפחה בבית העלמין בבית ג'אן, והותיר אחריו אישה ושישה ילדים.

בדברי ההספד עליו אמרו מפקדיו: "זמן רב יעבור עד שנוכל להתרגל לכך שמקומו של מחמד נפאע נפקד מאיתנו. שמו הלך לפניו כקלע מספר אחת של מג"ב צפון. הוא ייצג את משמר הגבול בכבוד וזכה באליפויות רבות."

מחמד מונצח בבית יד לבנים, באנדרטת החללים הדרוזים בעוספיא ובאנדרטה לחללי בית ג'אן.