ولد محمد نافع في 12 مايو 1952 في قرية بيت جان الدرزية. أكمل تعليمه الابتدائي في قريته الأصلية، وتعليمه الثانوي في المدرسة الثانوية في قرية راما، حيث تفوق في دراسته.

في مايو 1970، انضم إلى جيش الدفاع الإسرائيلي وعُيّن في حرس الحدود. منذ بداية مسيرته، برز بمهاراته القيادية الفطرية، وبعد إتمامه بنجاح دورة المحارب، أُرسل إلى دورة قائد الفصيلة ودورة قائد السرية، حيث برع فيهما. لاحقًا، عمل مدربًا للمجندين في قاعدة تدريب حرس الحدود، وترقى إلى رتبة رقيب أول سرية.

خلال فترة خدمته العسكرية، تزوج من نازيما، وفي عام 1972 رُزقا بابنهما الأول رامي. وعلى مر السنين، أنجب محمد وزوجته خمسة أبناء آخرين هم: سامي، سامية، رانيا، صالح، ونويل.

بعد إتمام خدمته الإلزامية في مايو 1973، تطوع للخدمة الدائمة وخدم في وحدات عملياتية مختلفة. في عام 1977، تم تعيينه في السرية 21، ومع اندلاع حرب السلام في الجليل، نُقلت وحدته إلى العمليات في لبنان. كان قادته يُقدّرونه كقائد مُخلص، هادئ، ومتواضع، يقود مرؤوسيه ويُعدّ قدوة لهم.

إلى جانب خدمته العسكرية، كان محمد مهتمًا بالأسلحة والرماية. عُرف بمهارته الفائقة في الرماية، وكان عضوًا في فريق الرماية التابع لحرس الحدود، حيث شارك في العديد من المسابقات وحصد المراكز الأولى. ومن هواياته الأخرى المفضلة الصيد، الذي برزت فيه موهبته ودقته العالية.

في الرابع من نوفمبر/تشرين الثاني عام ١٩٨٣، خلال حرب الجليل، اخترقت سيارة مفخخة مركزًا لشرطة الحدود في مدينة صور وانفجرت، وكانت تحتوي على نحو نصف طن من المتفجرات. في هذا الهجوم، المعروف باسم "كارثة صور الثانية"، قُتل نحو ستين شخصًا، من بينهم ثمانية وعشرون عنصرًا من المؤسسة الأمنية، وكان من بينهم الرقيب أول محمد نافع.

توفي محمد عن عمر يناهز 31 عاماً. ودُفن في مقبرة العائلة في بيت جان، تاركاً وراءه زوجة وستة أطفال.

قال قادته في تأبينه: "سيستغرق الأمر وقتاً طويلاً قبل أن نعتاد على حقيقة أن محمد نافع قد رحل عنا. لقد سبقه اسمه كأفضل هداف في تاريخ حرس الحدود الشمالي. لقد مثّل حرس الحدود بكل فخر وفاز بالعديد من البطولات."

يتم إحياء ذكرى محمد في بيت ياد لبانيم، وفي نصب الشهداء الدروز التذكاري في أوسفيا، وفي نصب الشهداء بيت جان التذكاري.